动植物残体和人畜粪尿是有机肥料的主要来源。未经腐熟的有机肥中携带有大量的致病微生物和寄生性蛔虫卵，施入农田后，一部分附着在作物上造成直接污染，一部分进入土壤造成间接污染。此外，未经腐熟的有机肥料所含的养分多为有机态，要经过发酵后变成无机化学元素或化合物才能被葡萄根系吸收利用，在发酵过程中还会产生大量的热，直接施入会使葡萄根系附近产生高温，造成烧苗现象。同时，发酵过程中又会释放氨气，会损伤毛细根，造成吸收困难，使植株生长不良。

腐熟好的有机肥料则不会出现这些问题，其对改善土壤的理化性质和提高生物活性有显著作用。可以通过堆制和沤制使有机肥料腐熟。